Durante el período Edo de Japón (siglo XVII), la samurái Mizu, mitad blanca y mitad japonesa, busca venganza contra cuatro hombres blancos, uno de los cuales es su padre, que permaneció ilegalmente en Japón durante el cierre de sus fronteras por parte de los Tokugawa.
Mizu se nació en un pueblo donde junto a su madre, una prostituta de la época, vivián escondidas en una casucha por miedo a que los otros habitantes del pueblo vean que Mizu era mestiza (algo que se consideraba inhumano y despreciable) y las mataran a ambas. Por esto mismo, la protagonista tuvo que criarse como un chico y nunca salir de su casa.
Pero un dia, unos niños la vieron fuera de casa, quemándola con su madre dentro y ahuyentando a Mizu hasta un acantilado, donde de repente cae un meteorito azul, el cual es recogido por un herrero, el cual se encariña de Mizu por ayudarle y le resguarda en su hogar, entrenandole y enseñandole cosas de valor.
Al hacerse mayor, Mizu emprende su viaje por japon en busca de los hombres blancos, viajando a pie por las montañas de japón.
En una de sus paradas, Mizu entra a comer a un restaurante donde conoce a un mesero llamado Ringo que, insipirado por su valentia y habilidades despues de haberle plantado cara a un maton del bar, le sigue pidiendole ser su aprendiz y prometiendole que le ayudaria a su mision de encontrar a los cuatro hombres blancos de japon. Aunque Mizu no quiere compañía, termina aceptándolo porque le resulta útil en el viaje.
Durante su búsqueda de los cuatro hombres blancos, Mizu se cruza con Taigen, un samurái arrogante con quien tiene rivalidad desde la infancia. Tras varios enfrentamientos, su relación pasa de enemistad a una especie de alianza incómoda, sobre todo cuando ambos empiezan a enfrentarse a enemigos comunes.
También aparece Akemi, prometida de Taigen e hija de un poderoso señor. Ella huye de un matrimonio impuesto y acaba viajando por Japón intentando decidir su propio destino, lo que la pone en peligro varias veces.
La búsqueda de Mizu acaba llevándola hasta Abijah Fowler, un comerciante occidental que permanece ilegalmente en Japón y que está vinculado al tráfico de armas de fuego y a una conspiración política. Poco a poco se revela que él y otros hombres occidentales planean desestabilizar el shogunato introduciendo armamento moderno y fomentando el caos para obtener poder e influencia en el país.
Convencida de que Fowler es uno de los hombres responsables de su origen y de su sufrimiento, Mizu decide infiltrarse en el castillo donde se encuentra.
Durante esta infiltración atraviesa pasadizos subterráneos llenos de trampas y restos humanos, se enfrenta a numerosos guardias y mercenarios, y en el proceso encuentra a Taigen gravemente herido, a quien rescata pese a su complicada relación. Finalmente logra enfrentarse a Fowler, pero el combate no sale como esperaba: él consigue herirla y romper su espada, y ambos acaban cayendo al agua durante la huida. Ringo los rescata y los lleva hasta el herrero que había criado a Mizu, donde ambos pueden recuperarse.
Tras sanar sus heridas, Taigen decide viajar a Edo para advertir al shogun sobre la conspiración que amenaza la estabilidad del país, mientras que Mizu vuelve a centrarse en su objetivo principal: matar a Fowler.
Retoma su viaje acompañada por Ringo y, durante este tiempo, decide reconstruir el metal de su espada aunque prefiere no forjar una nueva completamente hasta haber completado su venganza. Paralelamente, Akemi termina casándose con el hijo del shogun y comienza a adaptarse a su nueva posición dentro de la corte, aprendiendo a moverse en un entorno político complejo.
El enfrentamiento final entre Mizu y Fowler tiene lugar en Edo. Durante su lucha se desencadena un gran incendio en el castillo que rápidamente se extiende por la ciudad, evocando el histórico Gran Incendio de Edo. En medio del caos, Mizu consigue imponerse y capturar a Fowler con vida, algo que le permitirá seguir adelante con su búsqueda de respuestas sobre los otros hombres blancos relacionados con su pasado.
La temporada concluye con Mizu embarcándose rumbo a Occidente llevando a Fowler como prisionero. Su intención es continuar la búsqueda de los demás hombres implicados en su origen y culminar su venganza, dejando la historia abierta para lo que vendrá después.